Основой фамилии Плохинова послужило мирское имя Плохин. Фамилия Плохинова образована от так называемого «охранительного» имени Плохин (от слова «плохой»). В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Плохин. Согласно другой, менее правдоподобной версии, в основе фамилии лежит прозвище Плохин, которое могли дать человеку с дурным характером, вредными привычками и т.д. Однокоренное прозвище встречается в документах XV-XVII вв.: Плохой, холоп, 1495, Новгород; Плохой Васильев сын Конков, землевладелец, около 1500; Плохой Никифорович Васильев, 1521, Галич. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Плохин, со временем получил фамилию Плохинова.