Фамилия Плохинова образована от мирского имени Плохин — так в старину называли не «плохого» человека, а того, кого специально нарекли «плохим» с охранительной целью. Это распространённый у славян приём: родители, желая уберечь сына от сглаза и злых сил, давали ему имя с отрицательным значением, чтобы ребёнок рос здоровым и удачливым. Надеясь видеть мальчика красивым и крепким, его называли Плохином, и это имя, по народным представлениям, отводило беду.

Фамилия построена по классической модели: к основе Плохин (имя или прозвище) добавлен суффикс -ов, а затем — окончание -а, указывающее на женскую линию. Мужской вариант — Плохинов. Такая словообразовательная цепочка типична для русских фамилий, закрепившихся в XV–XVII веках, когда потомки человека по имени Плохин получали отчество, перешедшее в фамилию.

Существует и менее правдоподобная версия: прозвище Плохин могли дать взрослому человеку с дурным характером или вредными привычками. Но она уступает первой, потому что охранительные имена встречались гораздо чаще, чем насмешливые прозвища с таким корнем, а само слово «плохой» в древнерусском языке не несло резко отрицательной окраски и могло означать «простой», «незатейливый».

Однокоренные имена и прозвища фиксируют документы XV–XVII веков: Плохой, холоп, 1495 год, Новгород; Плохой Васильев сын Конков, землевладелец, около 1500 года; Плохой Никифорович Васильев, 1521 год, Галич. Эти записи показывают, что имя не было редкостью и встречалось в разных слоях общества — от холопов до землевладельцев. Потомок человека по имени Плохин со временем и получил фамилию Плохинова.