Фамилия Плохинский образована по типичной для восточнославянских фамилий модели с суффиксом -ский. Этот суффикс указывает на географическое происхождение: такую фамилию мог получить человек, чьи предки жили в населённом пункте с названием Плохино, Плохое или Плоха. Такие топонимы встречаются в России, Беларуси и на Украине. Название села или деревни, в свою очередь, скорее всего, происходило от прозвища или фамилии первопоселенца — Плохой.

Основа фамилии — прилагательное «плохой». В древнерусском языке слово «плохъ» имело более широкий спектр значений, чем сегодня. Оно означало не только «нехороший», но и «слабый», «хилый», «неловкий», а в некоторых диалектах — «простой», «незнатный». Прозвище Плохой могли дать человеку за слабое здоровье, невысокий рост или за незнатное происхождение. В крестьянской среде такое прозвище не всегда носило оскорбительный оттенок — оно могло быть бытовым, описательным.

Интересно, что в польской и украинской ономастике встречается фамилия Плохиньский (Płochyński), которая может быть связана с тем же корнем, но через польское слово «płochy» — «пугливый», «робкий». Если предки носителя фамилии происходят с западнорусских земель или из бывшей Речи Посполитой, возможна эта версия. Однако для фамилии Плохинский русское происхождение от «плохой» выглядит более прямым и вероятным.

Фамилия не относится к числу дворянских или широко известных. Она бытовала преимущественно в крестьянской и мещанской среде центральных и южных губерний России. Встречается также у потомков казаков. Сословная принадлежность предков не зафиксирована в общих справочниках, но модель образования на -ский у простых людей, а не знати, часто указывает на то, что фамилия закрепилась в XVIII–XIX веках при переписях, когда крестьянам давали фамилии по названию деревни, где они жили.