Фамилия Плоходько звучит необычно и сразу привлекает внимание своей «говорящей» основой. В отличие от большинства русских фамилий на -ко, которые концентрируются на юго-западе (Украина, Беларусь), эта фамилия имеет ярко выраженную украинскую модель образования. Суффикс -ко в украинской ономастике — один из самых распространённых: он мог указывать на молодого человека, сына или просто служить уменьшительно-ласкательным, а иногда и пренебрежительным оттенком.

Основа фамилии — прилагательное «плохой» в его древнем, более широком значении. В старорусском и украинском языках слово «плох» означало не только «нехороший», но и «слабый», «хилый», «неспособный». Поэтому прозвище Плохой давали не обязательно злому или дурному человеку. Чаще так называли физически слабого, болезненного ребёнка, которого родители хотели «обмануть» нечистую силу: считалось, что если назвать дитя Плохим, то злые духи не позарятся на него, и он вырастет здоровым. Это типичная обережная практика, известная у многих славянских народов.

Вторая часть фамилии, -дько, — результат фонетического смягчения. В украинском языке сочетание «хк» в потоке речи могло переходить в «хьк», что на письме отражалось как «дько». Таким образом, Плоходько — это тот же Плохонько, то есть «маленький Плохой» или «сын Плохого». Прямых аналогов в великорусских фамилиях почти нет, но однокоренные встречаются: Плохов, Плохих, Плохотников. Однако Плоходько стоит особняком — это чисто украинская форма с характерным смягчением, которая в XIX веке фиксировалась преимущественно в Полтавской и Черниговской губерниях.

По сословной принадлежности носители фамилии относились к казачеству и крестьянству. В реестрах Запорожского войска встречаются прозвища Плохий, Плохонький, но в фамилию Плоходько они оформились уже после упразднения Сечи, когда бывшие казаки записывались в мещане или государственные крестьяне. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно — это стопроцентно народное, «низовое» имя, которое несло в себе либо обережный смысл, либо констатировало невысокий социальный статус или слабое здоровье первого носителя.