Фамилия Плохутин образована от прозвища Плохута, которое относится к пласту древнерусских именований с корнем «плох-». Вопреки современному значению, в древности слово «плохой» не несло резко отрицательной оценки — оно означало «простой», «неказистый», «непритязательный». Прозвище Плохута могли дать человеку скромного нрава, небогатому или невысокого роста. В говорах существовало и слово «плохутка» — так называли невзрачную, худощавую женщину или девушку.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — Плохутин означает «сын Плохуты». Такая форма характерна для фамилий, образованных от основ на -а, -я (сравните: Путя — Путин, Фома — Фомин). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались в северных и центральных регионах, фамилии на -ин преобладали на юге России и в некоторых областях Поволжья, что может указывать на географию происхождения рода.

Редкий суффикс -ута в основе (Плох-ута) заслуживает отдельного внимания. В древнерусской антропонимии суффикс -ута был характерен для прозвищ с оттенком ласкательности или уменьшительности, но без фамильярности: Мал — Малута, Худ — Худута. Таким образом, Плохута — не грубое прозвище, а скорее бытовое, домашнее именование, которое закрепилось за человеком не в насмешку, а по характерному признаку.

В исторических документах фамилия нечастотна, но встречается в переписях XIX века по Тульской, Рязанской и Тамбовской губерниям. В этих краях слово «плохута» бытовало как нарицательное — так могли назвать не только человека, но и, например, плохую лошадь или неурожайный участок земли. Однако в основе фамилии лежит именно личное прозвище, а не хозяйственный термин.

Однокоренные фамилии — Плохов, Плохих, Плохотников — образованы от тех же корней, но по разным моделям. Плохутин выделяется среди них редким суффиксом, что делает фамилию не такой распространенной, как Плохов, но более выразительной с точки зрения древней словообразовательной традиции.