Фамилия Плохутина — женская форма мужской фамилии Плохутин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Плохута. В основе лежит древнерусское слово «плохой», но не в современном значении «некачественный», а в более старом — «простой», «незатейливый», «смиренный» или даже «тихий, незлобивый». В народной речи «плохутой» могли называть человека скромного, не склонного к спорам и ссорам, или же, напротив, того, кто не отличался силой и удалью. Прозвища с корнем «плох-» были распространены на Руси как обережные: считалось, что «плохое» имя отведет от ребенка сглаз и злых духов.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Плохуты). Со временем форма Плохутин закрепилась как наследственное имя, а Плохутина — как фамилия для женщин в семье. Интересно, что основа «плох-» дала не только Плохутиных, но и множество родственных фамилий: Плохов, Плохин, Плоховцев, Плохотников. Однако суффикс -ут- в Плохуте — довольно редкий, он придаёт прозвищу оттенок ласкательности или уменьшительности (сравните с именами Мишута, Ванюта). Это намекает на то, что прозвище могли дать молодому человеку или младшему в семье.

В дореволюционной России фамилия Плохутин встречалась преимущественно в центральных и северных губерниях — в Вятской, Костромской, Вологодской. Там «плохута» в местных говорах означало ещё и «неудачника», «бедняка», что могло отражать социальное положение предка. Сословно Плохутины — почти всегда крестьяне или мещане, фамилия не дворянская. Встречаются и священнические ветви, но редко: духовенство чаще брало фамилии от церковных праздников или искусственные.

Споров о происхождении немного. Альтернативная версия — от тюркского имени или прозвища, но она слаба: для фамилии с прозрачным славянским корнем и характерным суффиксом она избыточна. Гораздо правдоподобнее, что Плохутин — это «сын простого, нехитрого человека», и фамилия не таит в себе негатива, а лишь фиксирует бытовую характеристику, данную предку несколько столетий назад. Носительница фамилии Плохутина может быть уверена: её родовое имя — из числа тех, что рассказывают о характере, а не о ремесле или месте жительства.