Фамилия Побойнин — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не изменилось за века. На слух она кажется прямой отсылкой к глаголу «побойничать» (буянить, задирать) или существительному «побойня» (драка, побоище). Однако в русской ономастике у таких фамилий почти всегда более конкретное и мирное происхождение.

Скорее всего, Побойнин — это вариант фамилии Побойнев или Побойнов, образованной от прозвища Побойня. В северных и сибирских говорах «побойня» означала не только драку, но и «бойню», «скотобойню». Человек, работавший на бойне или торговавший мясом, мог получить прозвище Побойня, а его потомки — фамилию Побойнин (по модели «чей?» — Побойнин сын). Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному лицу, что типично для фамилий, возникших из прозвищ, а не из названий профессий с суффиксом -ник.

Другая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с диалектным словом «побойный» (бойкий, удалой). В этом случае Побойня — характеристика человека: задира, драчун. Однако такая прямолинейная негативная характеристика редко становилась основой для фамилии в крестьянской среде, где прозвища чаще давали по занятию или месту жительства.

Встречается фамилия Побойнин крайне редко. По данным переписей и телефонных справочников, основные очаги — Вологодская область и Удмуртия, что косвенно подтверждает северное происхождение. Вологодчина — регион, где сохранилось много архаичных говоров, и слово «побойня» в значении «скотобойня» там было в ходу.

Интересно, что фамилия Побойнин не попала в классические своды русских фамилий (например, у Б. Унбегауна), но встречается в региональных ономастиконах. Это говорит о том, что она не получила широкого распространения и осталась локальной, возможно, восходя к одному или нескольким родам из одного уезда. Написание с двойным «н» — стандартное для суффикса -ин в фамилиях, образованных от основ на -а/я: Побойн-я → Побойн-ин.