Основой фамилии Подобаев послужило мирское имя Подобай. Мирское имя Подобай, вероятно, восходит к прилагательному «подобный». К таким именам, очевидно, относится и имя Подобай. Так родители могли назвать своего ребенка Подобаем в надежде, что он вырастет хорошим, достойным человеком. Возможно и то, что в основе фамилии Подобаев лежит прозвище Подобай. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Подобай, со временем получил фамилию Подобаев.