Фамилия Подолинная — редкий случай, когда географическое прозвище закрепилось в «женской» форме, но относится и к мужчинам, и к женщинам. В основе лежит слово «дол» — старорусское название низины, долины, лощины. Приставка «по-» указывает на положение: тот, кто живёт «по долу», то есть в низине, в долине или у подножия возвышенности. Таким образом, Подолинный — это «живущий у долины».

Суффикс «-ин» в этой фамилии необычен. В классической русской модели фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а/-я (например, Сорокин — от Сорока, Пушкин — от Пушка). Здесь же основа «Подол» — мужского рода, и ожидаемой была бы форма Подолов или Подольский. Форма Подолинный возникла, скорее всего, под влиянием прилагательного: в документах могли записать «Иван Подолинный» по аналогии с «он подолинный» (то есть находящийся в долине). Это указывает на то, что фамилия могла сложиться в среде, где прозвище ещё не до конца оформилось в патроним, а оставалось описательным.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где слово «дол» в значении «низина» было особенно употребительно. Встречаются однокоренные фамилии Подольный, Подольский, Подоляк. Но Подолинная стоит особняком: её окончание напоминает о том, что когда-то прозвище могло быть полным прилагательным, а не кратким. В быту так могли назвать крестьянина или казака, чей хутор стоял в низине, у реки или в овраге.

Версия о связи с топонимом Подол (исторический район Киева) возможна, но менее вероятна: выходцы из Подола чаще получали фамилии Подольский или Подолянин. Форма Подолинная скорее указывает на конкретный рельеф места, а не на название города. Фамилия редкая, в списках массовых не значится, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от одного села или даже одного рода, где прозвище закрепилось именно в такой грамматической форме.