Фамилия Подуфалова — редкий случай, когда за простым звучанием прячется сразу несколько версий происхождения, и ни одна из них не выглядит натянутой. В основе лежит прозвище Подуфал, а сама фамилия отвечает на вопрос «чей ты будешь?» — то есть «Подуфалова» означает «дочь, жена или вдова Подуфала». Женская форма говорит о том, что закрепилась она именно в таком виде, что для русских фамилий на -ов/-ев нормально: сначала так называли жену, а потом и всех потомков по женской линии.

Самая правдоподобная версия связывает прозвище с глаголом «подуванить», то есть «поделить добычу». В старину «дуванить» означало делить трофеи после охоты или военного похода, а «подуванить» — принять в этом дележе участие. Прозвище Подуфан могли дать удачливому охотнику, который всегда приносил добычу и честно её делил, либо, наоборот, атаману ватаги, вершившему этот дележ. В народной этимологии слово «дуван» нередко связывали с разбойниками, поэтому не исключено, что прозвище носило оттенок лихости и удали.

Вторая версия — от глагола «подувать». Чередование согласных в/ф здесь не случайность, а следствие исторических фонетических процессов: в некоторых русских говорах, особенно под влиянием украинского и белорусского языков, звук [в] на конце слова или перед глухим согласным переходил в [ф]. Так «подувал» вполне мог превратиться в «подуфал». Тогда прозвище могло достаться человеку ветреному, непостоянному, или тому, кто имел привычку дуть — на горячую кашу, на озябшие руки.

Сам суффикс -ов в фамилии указывает на притяжательное значение: так в XV–XVII веках называли детей и домочадцев по имени или прозвищу отца. Прозвище Подуфал — не каноническое имя, а именно мирское, бытовое, что типично для крестьянской и посадской среды. Фамилия Подуфалова встречается редко, и это тоже говорит о её прозвищном, а не служилом происхождении: её носители, скорее всего, были вольными людьми или государственными крестьянами, а не дворянами.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то родственными по основе будут Дуванов, Дувановский, Подувалов. Последняя форма — более «литературная», сохранившая исходное [в], тогда как Подуфалова застыла в простонародном произношении. Это делает фамилию ценным свидетельством живой речи: она зафиксировала тот самый переход в/ф, который в письменных источниках обычно сглаживался.