Фамилия Погосткин — редкий случай, когда географический термин стал личным прозвищем, а затем и фамилией. Её основа — слово «погост». В Древней Руси так называли не только кладбище, как сегодня, но и административно-территориальную единицу, центр сельской округи, где находилась церковь и торг. Человек, живший при погосте — например, церковный сторож, дьячок, торговец или просто постоянный обитатель этой местности — легко получал прозвище Погостка. Суффикс -к- в прозвище мог указывать на принадлежность к месту или на уменьшительно-пренебрежительный оттенок.

Словообразовательная модель проста: к основе Погост- добавился суффикс -к(а), а затем типичный русский фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Погосткин, то есть сын или потомок Погостки. Такая модель (прозвище на -ка + -ин) характерна для северных и центральных областей России, где фамилии часто образовывались от уличных или бытовых имён.

Географически фамилия Погосткин встречается очень редко, преимущественно в архангельских, вологодских и костромских краях — именно там исторически была распространена погостная система. В некоторых регионах погостом называли также постоялый двор или место отдыха на дороге, поэтому не исключено, что предок держал постоялый двор или был содержателем яма.

Других версий происхождения, вроде связи с личным именем Погост (такого не было в святцах), не существует. Фамилия чисто топографическая, без тени иностранного влияния. Её носители в большинстве своём происходили из крестьянского или церковнослужительного сословия, а не из дворянства — суффикс -ин и редкая распространённость это подтверждают.