Фамилия Покачко — яркий пример украинской модели фамилий, образованных с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -к-. Этот суффикс в украинской ономастике чрезвычайно продуктивен и часто присоединялся к прозвищам, именам или названиям занятий, превращая их в фамилии. В данном случае основа — Покач — скорее всего, является прозвищем.

Самая вероятная версия связывает прозвище Покач с глаголом «покачати» (качать, колебать). Прозвище могли дать человеку с характерной покачивающейся походкой, например, моряку, который привык к качке на корабле, или просто неторопливому, вальяжному человеку. Менее вероятна, но возможна связь с профессиональной деятельностью: «покач» могли называть того, кто качает что-либо — воду насосом, колыбель, или даже работника на маслобойне. В некоторых говорах «покач» — это также человек, который любит покачиваться на качелях.

Суффикс -ко в украинских фамилиях выполняет роль не только уменьшительности, но и указания на принадлежность или родство. Фамилия Покачко буквально означает «маленький Покач» или «сын Покача». Такая модель образования характерна для центральной и западной Украины, особенно для Полтавской, Черкасской, Киевской и Львовской областей. В русском языке подобные фамилии с суффиксом -ко обычно не склоняются, хотя в украинском контексте они склоняемы.

Интересно, что фамилия Покачко может быть и патронимической (от имени), если допустить, что в основе лежит не прозвище, а сокращенная форма какого-либо крестильного имени. Например, имя Прокофий в народе часто сокращали до Прокоп, Проня, а Покач могло быть производной формой от него. Однако эта версия менее распространена, так как для имени Прокофий есть более типичные уменьшительные варианты.

Фамилия не является массовой, но встречается стабильно, что говорит о её давнем бытовании. В дореволюционных метрических книгах Покачко чаще всего фиксировались в среде казачества и крестьянства Левобережной Украины. Сегодня носители фамилии живут не только на Украине, но и в России, куда она попала с волнами миграции в XIX-XX веках.