Фамилия Поликанин образована по классической для славянских языков модели: к основе, в роли которой выступило личное имя или прозвище, добавили суффикс принадлежности -ин. Такой способ использовали повсеместно, поэтому аналогичные по строению именования встречаются у восточных, западных и южных славян. Для русских фамилий суффикс -ин чаще закреплялся за основами, оканчивающимися на -а или -я, что указывает на имя Поликан как непосредственный источник.

В основе фамилии лежит каноническое имя Поликарп, которое в народной, разговорной среде сократили до формы Поликан. Само имя греческого происхождения и переводится как «многоплодный» или «обильный плодами». В церковном календаре это имя связано с раннехристианским святым Поликарпом Смирнским, учеником апостола Иоанна Богослова. Однако в быту полная форма звучала тяжеловато, поэтому на Руси её часто усекали, и от уменьшительного Поликан и пошла фамилия. Таким образом, Поликанин буквально означает «сын Поликана», то есть потомок человека, носившего это имя.

Подобное упрощение имён — не редкость. Рядом с Поликаниными стоят фамилии, образованные от тех же разговорных вариантов: Поликанов, Поликарпов (от полной формы), а также Поликашин. Такое соседство показывает, что единого стандарта написания в старину не существовало, и одна и та же семья в документах могла фиксироваться по-разному, пока за потомками не закрепился какой-то один вариант.

Фамилия Поликанин — самобытный памятник славянской культуры, но говорить о точном времени и конкретном месте её возникновения можно лишь приблизительно. Процесс формирования каждой отдельной фамилии был длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Окончательные выводы о географии и хронологии требуют серьёзных генеалогических изысканий с привлечением архивных документов. Тем не менее сама структура фамилии и заложенное в ней имя позволяют уверенно говорить о её древних корнях и связи с православной традицией именования.