Фамилия Полинецкий — одна из тех, где ясная морфология скрывает неочевидную основу. Суффикс -ецкий (в смягчённом варианте -ицкий) указывает на географическое происхождение: такую модель использовали для образования фамилий от названий мест, обычно сёл или городков. Буквально Полинецкий — выходец из места, которое называлось Полинки, Полино или Полинец. Такие топонимы встречаются в разных регионах бывшей Речи Посполитой и западных губерниях Российской империи, особенно на территории современной Беларуси, Украины и восточной Польши.

Основа Полин- может восходить к разным корням. Самое прямое объяснение — от названия растения полынь (в диалектах — полин). В славянской ономастике это редкий, но не уникальный случай: фамилии Полин, Полинов, Полинский фиксируются в источниках XVII–XVIII веков. Прозвище Полина могли дать либо горькому, неуживчивому человеку, либо, наоборот, тому, кто жил у зарослей полыни. Вторая версия — от разговорной формы имени Аполлинарий (Аполлинария). В народе это имя часто сокращали до Полина, но в фамилиях на -ецкий такое личное имя в основе встречается реже, чем прозвище от растения или местности.

Суффикс -ецкий в польской и западнорусской традиции указывает на шляхетское или мещанское происхождение носителя. В отличие от массовых крестьянских фамилий на -ов/-ев, фамилии с этим суффиксом чаще принадлежали мелкопоместной шляхте, духовенству или горожанам. В метрических книгах XIX века Полинецкие встречаются в Подольской и Волынской губерниях, а также среди униатского духовенства Гродненщины. Это не значит, что все носители были дворянами, но социальный потолок у такой фамилии был выше среднего.

Написание с «и» (Полинецкий, а не Полинецки) закрепилось в русской канцелярской традиции, где фамилии на -ский получали окончание -ий. В польском варианте фамилия звучала бы как Poliniecki или Polinecki — с тем же корнем, но с мягким «нь» после «л». Разница в произношении часто стиралась при переходе в русскую среду, поэтому у однофамильцев могли закрепиться разные написания.

Других версий, например связи с греческим «полис» (город) или с фамилией Поливанов, нет: они фонетически далеки и не подкреплены географией бытования. Самая надёжная гипотеза — прозвищное или топонимическое происхождение от полыни, с типичным для западных земель суффиксом. Если у вас есть семейное предание о предке-священнике или мелком землевладельце из-под Бреста или Житомира, оно хорошо вписывается в эту картину.