Фамилия Полубояринов — редкий и выразительный случай, когда прозвище, легшее в основу, описывало не внешность или характер, а социальное положение человека. В старину полубоярином (или полубарином, полупаном) называли обедневшего дворянина, который из-за недостатка средств был вынужден сам обрабатывать свою землю. Он уже не мог жить за счет крестьянского труда, но и к простым людям себя не причислял — так и оставался «наполовину» боярином.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к прозвищу Полубоярин добавили типичный русский суффикс -ов, и потомки человека с таким прозвищем получили фамилию Полубояриновы. Суффикс указывает на принадлежность роду: буквально «сын Полубоярина», «из семьи Полубоярина». Это одна из самых массовых моделей русских фамилий, но основа у нее нечастая — полные фамилии от «полу-» прозвищ встречаются заметно реже, чем от имен или ремесел.

Письменные свидетельства уводят нас в XVI–XVII века. В актах, собранных историком С. Б. Веселовским, упоминаются: Полубояр Федор, посадский человек из Гороховца (1623 год), некий Полубояринов (1629 год), а также Ивашка Полубояринов, помещик (1567 год). Эти записи показывают, что прозвище бытовало в разных слоях общества: и среди посадских людей, и среди мелких землевладельцев. Ивашка — уменьшительная форма от Иван, что типично для документов того времени, где фамилии еще только закреплялись.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и одни и те же прозвища могли независимо друг от друга дать начало фамилиям в разных регионах. Но сам факт, что фамилия встречается в документах уже в XVI веке, говорит о ее древности. В отличие от многих фамилий, которые образовались от крестильных имен и потому повторяются тысячами, Полубояриновы сохранили редкую социальную характеристику предка — ироничную, но точную.