Фамилия Полякин — редкий пример, когда географическое прозвище соединилось с нестандартным патронимическим суффиксом. В основе лежит слово «поляк» — указание на национальность или на происхождение из Польши. Но если бы фамилию образовали по обычной модели, мы бы получили Поляков или Поляк. Здесь же работает суффикс -ин, который в русской ономастике чаще прикрепляется к основам на -а/-я: Полякин буквально значит «сын Поляки». То есть сначала существовало прозвище или некалендарное имя Поляка — так на Руси могли назвать человека, который пришёл из польских земель, говорил с характерным акцентом или перенял польские обычаи. От этого прозвища и пошла фамилия.

Такая словообразовательная цепочка (Поляка → Полякин) встречается реже, чем прямой переход от этнонима. Сравните: фамилия Поляков означает «сын Поляка», а Полякин — «сын Поляки». Разница в один суффикс, но она меняет историю: в первом случае прозвище было в краткой форме (Поляк), во втором — в полной, с окончанием -а, что характерно для северных и центральных говоров. Поэтому Полякины могли возникнуть в регионах, где было принято давать прозвища с таким окончанием — например, в бывших новгородских землях или в Поволжье.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с топонимом Поляки — такие названия деревень встречаются в Беларуси и на западе России. Тогда Полякин — это «выходец из Поляков», и суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному месту. Но эта гипотеза слабее: топонимических фамилий с суффиксом -ин от названий на -и/-ы (типа Поляки) в русском языке очень мало, обычно их оформляли через -ский (Поляковский).

В дореволюционных переписях фамилия встречается спорадически, без привязки к одному сословию. Известны Полякины среди крестьян Тверской губернии и среди мещан южных уездов. После 1917 года фамилия не стала массовой — по данным современных справочников, она остаётся относительно редкой, с заметным числом носителей в Москве, Подмосковье и в Краснодарском крае.