Фамилия Понарьева — женская форма, а мужская, Понарьев, образована от прозвища или имени Понарь. В основе почти наверняка лежит слово «пономарь» (церковнослужитель низшего ранга, звонарь, прислужник при алтаре). В русских говорах слово часто произносили с утратой второго «о»: понамарь, понарь. Отсюда и прозвище Понарь — человек, служивший в церкви, либо получивший эту кличку за сходство с пономарем по поведению или обязанности. Фамилии на -ев, как Понарьев, типичны для прозвищ на мягкий согласный: Понарь → Понарьев — «сын Понаря».

Версия с украинским или белорусским корнем от слова «понар» (упрямец, капризный человек) менее вероятна, так как фамилия Понарьев встречается в основном в центральных и северных областях России, где церковная лексика была повседневной. Встречается и вариант написания Понарёв — с буквой «ё», что указывает на ударение на последний слог в исходном прозвище.

Слово «пономарь» в древности было не только должностью, но и фамильным прозвищем. В документах XVI–XVII веков нередко записывали крестьян и посадских как «Понамарь» или «Пономарь». Со временем прозвище закрепилось в фамилиях Пономарёв, Понамарёв, Понарьев. Последняя форма — самая редкая, возникла из-за стяжения гласных в разговорной речи. Суффикс -ев здесь не отчество в строгом смысле, а показатель принадлежности: «чей?» — Понарьев.

Географически фамилия Понарьева чаще всего фиксируется в Костромской, Ярославской и Вологодской областях, что подтверждает севернорусский говор с аканьем и редукцией гласных. Там же распространены однокоренные Пономарёвы, но Понарьевы составляют отдельную, более локальную ветвь. Сословно предки были, скорее всего, крестьянами или церковнослужителями, так как фамилии на -ев редко встречались у дворянства без дополнительного суффикса -ский.

Спорной остается версия происхождения от тюркского корня «понар» (светильник, фонарь) — она не находит подтверждения в русских говорах и документах. Поэтому наиболее убедительная гипотеза — церковная, через «пономарь».