Фамилия Пономорева — это женская форма фамилии Пономорев, которая, как и более привычная Пономарёв, образована от названия церковной должности «пономарь». Разница в написании — через «о» во втором слоге — не меняет сути, но указывает на возможные диалектные или исторические особенности произношения и записи. Пономарь (от греческого «парамонарь» — привратник, сторож) был низшим церковнослужителем: он звонил в колокола, зажигал свечи, следил за чистотой в храме и помогал священнику во время службы. В быту эту должность часто называли «пономарь», что и дало прозвище, а затем фамилию.

Суффикс «-ев» в фамилии Пономорев указывает на притяжательное значение: «сын пономаря» или «человек из семьи пономаря». Интересно, что в русской ономастике закрепились оба варианта — Пономарёв и Пономорев, причём второй встречается реже. Скорее всего, он возник в тех говорах, где «о» в безударном положении произносилось более отчётливо, или же в результате упрощения при записи фамилии в документах. Сравните с однокоренными Пономаренко, Пономарчук — там основа та же, но суффиксы украинского происхождения.

Сословно фамилия Пономорев не была дворянской или купеческой. Пономари, как правило, происходили из крестьян или мещан, а сама должность была наследственной — сын часто шёл по стопам отца. Поэтому носители фамилии Пономорева почти наверняка имеют предков, которые несколько поколений служили при церкви. Географически фамилия распространена по всей России, но чаще встречается в центральных и северных областях, где церковные приходы были многочисленны и должность пономаря была обычным делом.

В написании через «о» есть одна тонкость. В XIX — начале XX века, когда фамилии массово фиксировались в метрических книгах, писарь мог записать «Пономорев» под влиянием местного акающего или окающего говора. Такой вариант не считается ошибкой, а является исторически сложившимся. Таким образом, фамилия Пономорева — не просто вариация на тему «пономарь», а свидетельство того, как живая речь и канцелярская практика создали несколько равноправных форм одной фамилии.