Фамилия Понятаев — один из примеров, где с первого взгляда понятный корень обманчив. Если судить по звучанию, кажется, что основа — глагол «понять» или прилагательное «понятый». Но в русской антропонимии такой прямой путь маловероятен: фамилии от причастий (Понятый, Понятая) почти не встречаются, а от глаголов в неопределенной форме — тем более. На деле Понятаев, скорее всего, восходит к прозвищу Понятай. Суффикс -ай в русских прозвищах типичен для людей с яркой, часто неодобрительной характеристикой: Ломай, Стреляй, Бросай. Соответственно, Понятай — это человек, который всё «понял» по-своему, то есть понятливый, догадливый, а может быть, наоборот, тот, кто слишком быстро делает выводы или превратно толкует слова. В говорах слово «понятый» имело и значение «смышленый, сообразительный», что делает прозвище скорее положительным, хотя и с оттенком насмешки.

Словообразовательная модель проста: прозвище Понятай плюс типичный русский суффикс принадлежности -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или -й. Так образовались тысячи фамилий: от Ломай — Ломаев, от Стреляй — Стреляев. Понятаев — буквально «сын Понятая» или «из рода Понятая». Интересно, что фамилия довольно редкая и имеет отчетливую географическую привязку. Основной массив носителей исторически сосредоточен в Поволжье, особенно в Нижегородской области и Мордовии. Это наводит на мысль, что прозвище могло бытовать в местных говорах, где «понятый» означало не только «понятливый», но и «догадливый, смекалистый». В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с таким именованием, что указывает на недворянское, простонародное происхождение фамилии.

Вторую, менее вероятную версию выдвигают некоторые исследователи, связывая фамилию с тюркскими корнями. Якобы основа могла восходить к татарскому слову «понят» (нечто вроде «понимающий»), но это скорее народная этимология: никаких следов такого заимствования в ономастических словарях нет. Славянское происхождение от прозвища остается основным и самым логичным объяснением.