Фамилия Понятенко — характерный пример фамилии, образованной по украинской модели. Её основа — прозвище или мирское имя Понятый, а суффикс -енко указывает на происхождение с территории современной Украины, где такие фамилии буквально означали «сын» или «потомок» человека с таким именем. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев или -ин, которые закрепились в основном у крестьян и духовенства, фамилии на -енко долгое время оставались беспаспортными прозваниями, передаваясь по отцу и фиксируясь лишь в ревизских сказках или метриках.

Корень «понят-» восходит к слову «понятый» — в старорусском языке так называли человека, которого поняли, то есть привлекли к делу в качестве свидетеля или понятого. В судебной практике XVI–XVII веков понятые были обязательными участниками осмотров, обысков и других следственных действий. Прозвище Понятый мог получить не только тот, кто часто выступал в этой роли, но и человек, которого считали смышлёным, «понятливым» — в народной речи эти смыслы пересекались. Вторая версия, менее вероятная, но возможная — образование от имени Понята (уменьшительное от Потап или Ипат), но в таком случае фамилия скорее звучала бы как Понятенко с ударением на первый слог, а не на «я».

Географически фамилия Понятенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Сумщине. В России она встречается редко, в основном в южных регионах и на Кубани, куда переселялись малороссийские казаки. В реестре Войска Запорожского или в переписях Гетманщины фамилия не фиксируется, что указывает на её позднее оформление — скорее всего, в середине XVIII — начале XIX века, когда украинские крестьяне и казацкая старшина массово получали фамилии по отцу.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Понятов, Понятовский, Поняткин) показывает, что Понятенко — самая «народная» форма, без польского шляхетского суффикса -овский. В отличие от Понятовского, который мог указывать на дворянское происхождение, Понятенко — фамилия крестьянская или казацкая.