Фамилия Понятойкин образована от личного прозвища Понятойка. Это типичная русская фамилия, построенная по модели «прозвище + патронимический суффикс -ин». Суффикс указывает на принадлежность: Понятойкин буквально значит «сын Понятойки», а сама форма на -ин характерна для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я.

Смысл прозвища неочевиден, и здесь сталкиваются две основные версии. Первая отталкивается от русского прилагательного «понятный» — то есть ясный, доступный уму. Прозвище могло закрепиться за человеком, который умел толково и четко излагать мысли, или, наоборот, за бесхитростным, простым в общении человеком. Однако более правдоподобно, что в прозвище смешались значения «понятный» и «понятливый»: в старину эти слова часто путали, и Понятойкой скорее могли назвать сообразительного, сметливого человека, который быстро схватывает суть. Эта версия выглядит убедительнее, поскольку прозвища редко давались за абстрактное качество «ясности» — чаще они отражали конкретные черты поведения или ума.

Вторая гипотеза уводит в сторону от славянских корней. Согласно ей, в основе лежит слово из языка коми «понъя», что переводится как «с собакой». Тогда Понятойкой могли прозвать человека, у которого жила собака, или того, кто часто появлялся с ней. Эта версия экзотична, но слабее первой: она требует допущения о бытовании коми-прозвища в русской среде, тогда как для объяснения фамилии достаточно обычной игры слов внутри самого русского языка.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс становления русских фамилий растянулся на столетия, и Понятойкины могли появиться в разных регионах независимо друг от друга. Сама фамилия редкая, и в этом ее особенность: она не разошлась по стране широко, а сохранилась как локальный след конкретного прозвища. Родственные ей по модели фамилии — например, Понятов или Понятин — встречаются чаще, что делает Понятойкиных своеобразным памятником живой народной словообразовательной традиции, где личное прозвище, пусть и не до конца ясное по смыслу, намертво закрепилось за родом.