Фамилия Понятых стоит в ряду так называемых «застывших» форм родительного падежа множественного числа — моделей на -их/-ых. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, особенно для бывших новгородских земель, и часто указывают на принадлежность к целому роду или дому: «из семьи Понятых» значило «из тех, кто Понятые». В отличие от фамилий на -ов/-ев или -ин, которые фиксируют одного предка, здесь подчёркивается коллективное прозвище семьи.

Основа фамилии — слово «понятый» в старом значении «свидетель, понятой» (от глагола «понять» в смысле «взять, привлечь»). В русском судопроизводстве дореволюционной эпохи понятыми называли местных жителей, которых привлекали для удостоверения следственных действий: обысков, осмотров, описей имущества. Это была обязательная, часто недобровольная повинность, и прозвище Понятой мог получить человек, постоянно ходивший в понятых или запомнившийся по какой-то громкой тяжбе.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище от прилагательного «понятый» в значении «понятливый, смышлёный». Однако ономастика обычно отдаёт предпочтение социально-бытовому корню: фамилии от должностей и повинностей встречаются гораздо чаще, чем от абстрактных качеств. Сравните с фамилиями Боярых, Дворяниновых, Казаковых — все они тяготеют к конкретному статусу.

Сейчас фамилия Понятых редкая и локальная. Если отталкиваться от географии фамилий на -их/-ых, её стоит искать на северо-западе России — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях, а также в Сибири, куда переселенцы унесли этот словообразовательный тип. Поскольку фамилия недворянская и не попала в гербовники, её носители — потомки крестьян, ремесленников или мещан, чей предок когда-то выполнял общественную функцию понятого.

В написании фамилия не склоняется: Понятых, Понятых, о Понятых — это грамматическая особенность всей модели. Однокоренные фамилии (Понятов, Поняткин, Понятовский) образованы по другим схемам и не связаны с ней напрямую.