Фамилия Попадын — один из тех редких случаев, когда написание напрямую указывает на первоначальное ударение и, возможно, на диалектную особенность. В отличие от более распространённой фамилии Попадьин (от «попадья»), форма Попадын заставляет задуматься: не ошибка ли это в документе? Скорее всего, нет.

Ключ к разгадке — суффикс -ын. В русской ономастике он встречается реже, чем -ин, и обычно указывает на основу, оканчивающуюся на -а или -я, но с чередованием или особым произношением. Если бы фамилия была образована от слова «попадья» (жена попа), то в родительном падеже мы бы имели «попадьи», и суффикс был бы -ин: Попадьин. Форма Попадын могла возникнуть двумя путями.

Первый, самый вероятный: основа — прозвище или диалектное слово «Попадыня». В некоторых говорах так могли называть женщину, имевшую отношение к попу, но не обязательно его жену — например, попаданку (женщину, попавшую в беду, или ту, что «пристала» к дому священника). Или же это была форма женского имени, образованная от мужского Попада (редкое неканоническое имя или прозвище, от глагола «попадать» — в значении «меткий», «удачливый»). Тогда от имени Попада образуется притяжательное прилагательное с суффиксом -ын: «чей сын?» — Попадын.

Второй вариант — фонетический. В южнорусских и украинских говорах мягкое [д’] перед [а] могло отвердевать, и «попадья» произносилась как «попадыня». Отсюда и фамилия Попадын, как адаптация на письме местного произношения. Подтверждением служит тот факт, что фамилия Попадын встречается в основном на территориях, где такие диалектные черты были сильны (например, в Курской, Воронежской областях, на Слобожанщине).

Таким образом, предок носителя фамилии Попадын, скорее всего, был либо сыном человека по прозвищу Попада (меткий стрелок или удачник), либо потомком женщины, которую в народе звали Попадыня — вдовы попа, его работницы или просто женщины, связанной с церковным обиходом. Модель образования (суффикс -ын) указывает на то, что фамилия закрепилась в письменных источниках достаточно поздно, в XVIII-XIX веках, когда диалектные формы начали фиксироваться в документах без приведения к литературной норме.