Фамилия Попенкто — редкая и нестандартная для русского ономастикона. В ней сразу бросается в глаза необычный финальный элемент «-кто», который не характерен ни для типичных русских фамилий на -ов/-ев, -ин, -ский, ни для украинских на -енко или -ук. Скорее всего, перед нами не русская, а фамилия молдавского или румынского происхождения. В румынском языке суффикс -кто (-cto) встречается редко, но модель образования фамилий от имени или прозвища с помощью суффикса -еску/-ешти здесь распространена. Однако «Попенкто» выглядит как искажённая или диалектная форма от «Попеску» (Popescu) — самой частой румынской фамилии, означающей «сын попа» или «попович». Основа «поп» (popă) в румынском, как и в русском, обозначает священника. Таким образом, Попенкто — это, вероятно, вариант фамилии Попеску, который мог возникнуть в результате фонетических изменений в молдавских говорах или при записи фамилии в документах русскими чиновниками. В пользу этой версии говорит и то, что на территории бывшей Бессарабии (современная Молдова и Одесская область Украины) фамилии с суффиксом -еску часто русифицировали или записывали на слух, теряя конечное «у». Попенкто — это как раз такой «окаменевший» вариант: корень «поп», суффикс принадлежности «-ен» (как в «попенок» — дитя попа) и необычное окончание «-кто», которое заменяет стандартное «-ску». Носитель такой фамилии — почти наверняка потомок молдавского или румынского священника, чей род живёт на стыке культур, в зоне, где смешивались славянские и романские языковые традиции. Других правдоподобных версий у этой фамилии нет: корень «поп» слишком ясен, а попытка вывести её из немецкого или прибалтийских языков разбивается о географию бытования — основные носители Попенкто встречаются в Молдове и на юго-западе Украины.