Фамилия Попругина — женская форма фамилии Попругин, и её происхождение стоит искать в прозвище или роде занятий предка. Основа фамилии — слово «попруга». В древнерусском языке и диалектах попругой называли подпругу — широкий ремень, которым подтягивали седло к лошади. Это слово напрямую связано с глаголом «попрягать» (запрягать, стягивать). Вероятнее всего, прозвище Попруга дали человеку, который изготавливал или продавал конскую сбрую, либо тому, кто отличался плотным телосложением и как бы «стягивал» одежду — в народе такие прозвища часто давали по внешним признакам.

Суффикс -ин указывает на типичную для северных и центральных русских земель модель образования фамилий: от прозвища или названия профессии, оканчивающегося на -а, прибавляли притяжательный суффикс, означающий «чей?» (например, Попругин — сын Попруги). Интересно, что фамилия Попругин встречается реже, чем её однокоренные варианты Попруженко (украинская модель) или Попругов (с суффиксом -ов, характерным для фамилий от слов на твёрдый согласный). Это говорит о том, что Попругины могли быть выходцами из регионов, где сохранялась старая форма прозвища на -а, — например, из Псковской или Новгородской земли, где такие модели были особенно живучи.

В документах XVII–XVIII веков, если копать глубже, можно встретить крестьян и посадских людей с прозвищем Попруга — оно не было редким в среде, связанной с лошадьми и конной тягой. Однако точных сведений о сословной принадлежности Попругиных нет: фамилия могла принадлежать и крестьянину, и ремесленнику, и служилому человеку. Споров о значении почти не возникает — корень прозрачен, хотя в некоторых говорах «попруга» имела и переносное значение: так называли упрямого или затянутого до крайности человека. Но основная версия — профессиональное прозвище шорника или конюха — выглядит правдоподобнее, поскольку ремесленные фамилии составляли значительный пласт русских родовых имён.