Основой фамилии Потанин послужило мирское имя Потана. Фамилия Потанин образована от древнеславянского женского имени Потана. Вероятно, это имя восходит к славянским глаголам «потанути, потати», что значит «потаять, растаять, растопиться». Возможно, такое имя дали девочке, родившейся весной, когда сильно таял лёд и снег. Однако не исключено, что в основе фамилии лежит мужское имя с тем же корнем Потан, производная форма которого звучала как Потаня. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Потана, со временем получил фамилию Потанин. Фамилия Потанин образована от имени Потаня, которое является уменьшительной формой крестильного мужского имени Потапий (Потап). Согласно одной из версий, оно заимствовано из греческого языка и означает «пришелец, чужак, странник». По другой версии, имя Потап переводится с латинского как «овладевший». Веселовского указаны Федор Иванович Потана Блохин, живший в первой половине XVI века; Федор Иванович Потаня Аничков, живший в то же время. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Потаня, со временем получил фамилию Потанин.