Фамилия Потапнеко звучит нестандартно для русского уха, и это не случайно. Её выдает суффикс -енко, который в украинской ономастике имеет значение «маленький» или «сын». В данном случае — «сын Потапа» или «потомок Потапа». Однако форма Потапнеко (а не более привычное Потапенко) — это либо диалектный вариант, либо результат искажения при записи фамилии в документах. В украинском языке суффикс -енко обычно присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный, давая формы вроде Шевченко, Коваленко. Вариант с «н» перед суффиксом (Потап-н-енко) встречается реже, но возможен как народная или писарская вставка для благозвучия.

Основа фамилии — каноническое мужское имя Потап. Это народная, разговорная форма церковного имени Потапий (от греческого Потамиос — «речной»). В святцах имя встречается, но никогда не было в числе самых распространенных на Руси. Соответственно, предок носителя фамилии был человеком, которого в быту звали Потап, а его дети и внуки получили отчество-прозвище Потапенко (или Потапнеко). Географически такие фамилии чаще всего тяготеют к левобережной Украине (Полтавщина, Черниговщина) и южным областям России, куда переселялись украинские крестьяне.

С социальной точки зрения, фамилии на -енко в XVII–XVIII веках были типичны для казацкой старшины и мещан, но массово закрепились за крестьянством. Поэтому Потапнеко — это фамилия, которая говорит о происхождении от человека по имени Потап и о том, что род, скорее всего, вышел из украинской или южнорусской среды. Других версий — от прозвища или названия ремесла — здесь нет, этимология прозрачная.

Написание Потапнеко может быть уникальным для конкретного рода. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Потапов, Потапович, Потапенко), то именно форма с «н» перед суффиксом — самая редкая. Это делает фамилию хорошим маркером для генеалогического поиска: ошибка писаря или местный говор зафиксировали её именно так, и в архивах стоит искать все варианты написания.