Фамилия Потапушкин образована от производной формы крестильного имени Потап — Потапушка. В основе лежит народная, уменьшительно-ласкательная форма, которую в быту использовали для человека по имени Потап. Такая модель типична для русских фамилий: суффикс -ушк- придавал имени домашний, обиходный оттенок, а затем к этой основе добавился фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: Потапушкин значит «сын Потапушки», «ребёнок Потапушки». Так потомок человека, которого в семье и среди соседей звали Потапушкой, со временем получил фамилию Потапушкин.

Само имя Потап имеет две основные версии происхождения. Согласно первой, оно заимствовано из греческого языка и означает «пришелец, чужак, странник». По другой версии, имя Потап переводят с латинского как «овладевший». Вторая трактовка выглядит менее убедительной: в латинском языке нет прямого соответствия такому значению, и она, скорее всего, возникла как народное переосмысление. Греческая версия правдоподобнее, поскольку имя Потап (в канонической форме Потапий) встречается в православных святцах и связано с раннехристианскими подвижниками.

Фамилия Потапушкин — редкая и по-своему показательная. Она сохранила не просто имя, а его ласкательный вариант, который в официальных документах почти не использовался. Это говорит о том, что фамилия закрепилась в среде, где людей называли по-домашнему, — вероятно, в крестьянской или мещанской среде. Подобные фамилии на -ушкин встречаются нечасто: они уступают по распространённости стандартным Потаповым и Потапенко, но именно поэтому сохраняют живой отпечаток устной речи прошлого.