Фамилия Потнин — редкая и морфологически неочевидная. Если сразу отбросить суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся основа Потн-. Она не встречается в качестве современного русского слова, поэтому искать корень нужно в диалектах, старых прозвищах или искажённых формах имён.

Самая прямая версия отталкивается от глагола «потать» (бить, колотить, ударять) или производного от него «потный». В северных и сибирских говорах «по́тень» — это вялый, медлительный человек, а «потня» — нечто влажное, парное. Прозвище Потня могли дать либо работнику, который постоянно в поту, либо, наоборот, человеку медлительному и «мягкому». Суффикс -ин в таком случае образует отчество от прозвища: Потня → Потнин, то есть «сын Потни».

Вторая версия — топонимическая, хотя и менее вероятная. В старых писцовых книгах встречаются названия урочищ и речек с корнем Потн- (например, речка Потна в бассейне Северной Двины). Человек, переселившийся оттуда, мог получить прозвище Потнин по месту прежнего жительства. Однако при такой модели фамилия обычно оканчивается на -ский (Потнинский), а не на -ин.

Важно учесть, что фамилия Потнин могла возникнуть и из искажённого крестильного имени. Например, от канонического Пафнутий (разговорная форма Потнутий) через стяжение: Потнутий → Потня → Потнин. Такое упрощение характерно для крестьянской среды XVII–XVIII веков, где длинные церковные имена сокращали до двух-трёх слогов.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку России: в переписях XIX века Потнины встречаются в Вятской и Пермской губерниях, реже — в Архангельской. Это подтверждает версию о диалектном происхождении, так как именно северные говоры сохранили слово «потня» в значении «испарина» или «пареное место». Сословно носители фамилии — почти исключительно государственные крестьяне и бывшие монастырские крестьяне, никаких дворянских родов Потниных не зафиксировано.

Таким образом, Потнин — это фамилия-прозвище, скорее всего, по характеру или внешнему виду предка: «потный» работяга или, напротив, «пареный» медлительный человек. Альтернатива с именем Пафнутий слабее, но не исключена. В любом случае, корень фамилии — бытовой, народный, без книжной или иностранной примеси.