Фамилия Прилепшев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с характером, а с местом. Разберём словообразовательную цепочку. В центре — основа «прилеп-», от глагола «прилепить» или «прилеплять». Суффикс -шев указывает на притяжательное значение: «чей?» — Прилепшев, то есть «сын Прилепша». Формант -ш- в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и часто указывает на прозвище, образованное от глагольной основы с помощью суффикса -ша (как Кривоша, Молчаша). Исходное прозвище Прилепша могло означать «тот, кто прилип», то есть привязался к дому, месту или человеку.

Однако куда правдоподобнее версия географическая. На юге России, особенно в чернозёмных областях, «прилеп» или «прилепка» — это небольшой пригорок, холмик, склон, будто прилепленный к основному рельефу. Человек, живший на таком пригорке или возле него, получал прозвище Прилепша. Фамилии, образованные от названий рельефа, — обычное дело, но привязка к конкретной диалектной лексеме «прилеп» (не путать с общеупотребительным «прилеп» как кусок глины) делает Прилепшевых носителями локальной, местной памяти.

В словарях русских фамилий Прилепшев не значится среди массовых. Это говорит о том, что фамилия либо очень старая и закрепилась в узком ареале, либо возникла поздно, в среде однодворцев или государственных крестьян, где фамилии часто давали по прозвищам, а не по отчеству. Суффикс -ев (а не -ов) после шипящего — стандартная орфография, не несущая дополнительного смысла.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Прилепский (с типичным дворянским суффиксом) встречается чаще и обычно указывает на выходцев из села Прилепы (такие сёла есть в Тульской, Орловской, Курской областях). Прилепшев же — более простонародный вариант, без «географического» суффикса -ск-, прямо от прозвища. Таким образом, предки носителя этой фамилии — скорее всего, крестьяне или однодворцы южнорусских губерний, жившие на взгорке или у склона, который в народе называли прилепом.