Фамилия Прилепская почти наверняка связана с балканским городом Прилеп, который сегодня находится в Северной Македонии. Такой вывод напрашивается сам собой: суффикс -ск- в русских фамилиях традиционно указывает на географическое происхождение, а сам топоним звучит идентично. Потомок человека, которого называли Прилепским (то есть выходцем из этого города или его окрестностей), со временем закрепил за собой фамилию Прилепская.

Сам город Прилеп — место с глубокой историей, и его название уходит корнями в славянскую древность. Топоним образован от глагола «лепить» или «липнуть» с приставкой при-. Скорее всего, имелось в виду «прилепленный» к скале или горе, поскольку город раскинулся у подножия высоких холмов. Археологи находят здесь следы античного города Стиберра, который входил в состав Римской империи. После того как в 268 году его опустошили готы, жизнь в этих местах не угасла полностью, и поселение продолжало существовать.

Впервые под именем Прилеп город упоминается в 1014 году, и это упоминание связано с трагическими событиями. Именно здесь, по преданию, умер болгарский царь Самуил: сердце его не выдержало, когда он увидел, как византийцы ослепляют тысячи его пленных солдат после битвы при Беласице. Позже город переходил из рук в руки — его завоёвывало Второе Болгарское царство, а затем он на целых шесть веков оказался под властью Османской империи.

Стоит оговориться: версия о происхождении фамилии от конкретного города Прилеп — основная, но не единственная. Встречается и прозвищная трактовка, когда человека называли Прилепой за навязчивость, за то, что он «прилипал» к кому-то. Однако для фамилии с суффиксом -ск- такая основа менее характерна: этот суффикс чаще маркирует именно территориальную принадлежность, чем личное качество. Поэтому балканская версия выглядит убедительнее.

В русской традиции фамилии на -ский долгое время оставались прерогативой дворянства и духовенства, но со временем могли появляться и у простых людей, если они переезжали из другого места. Прилепская — форма женского рода, мужской вариант звучит как Прилепский. Встречается также родственная фамилия Прилепин, но она образована по другой модели — от того же прозвища, но с более простым суффиксом, что говорит о более раннем или простонародном происхождении.