Фамилия Прокопаева образована от мужского имени Прокоп, которое в свою очередь восходит к греческому Прокопий (Προκόπιος) — «преуспевающий», «преуспевающий в чём-либо». В русском обиходе это имя, особенно в простонародной форме Прокоп, было широко распространено, и от него возникло множество фамилий: Прокопов, Прокопьев, Прокопенко, Прокофьев. Прокопаева стоит в этом ряду особняком.

Ключевая особенность — суффикс -аев. Стандартная модель для фамилий на -ов: Прокопов. Фамилия Прокопаев (а в женском роде Прокопаева) использует суффикс -аев, который указывает на образование от имени с окончанием на -а, то есть от разговорной формы Прокопай (или Прокопа). Представьте: в быту человека звали не Прокоп, а Прокопай — ласково или пренебрежительно, как часто делали в деревнях. От этой формы и пошла фамилия: сын Прокопая — Прокопаев.

Поскольку имя Прокопий было популярно среди крестьян и посадских людей, а не только в высших слоях, фамилия Прокопаева встречается в самых разных регионах России. Однако есть одна географическая привязка: форма на -аев характерна для северных и центральных областей, а также для Поволжья. В частности, в старых переписях Вологодской, Костромской и Нижегородской губерний фамилия Прокопаев (и Прокопаева) фиксируется чаще, чем, скажем, в южных черноземных областях. Это не значит, что вы обязательно оттуда, но корни могут лежать в тех краях.

Споров вокруг основы фамилии почти нет: Прокопий — имя известное, и альтернативные версии (например, от прозвища Прокопа, означающего «проныра» или «ловкач») маловероятны, так как прозвищная форма с таким значением не засвидетельствована. Намного правдоподобнее, что перед нами — типичный случай народной переделки церковного имени в бытовую форму. Предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а само имя Прокоп в их семье передавалось по традиции.