Фамилия Пронкаева — женская форма, но её основа та же, что у мужской фамилии Пронкаев. Разбирать её стоит с редкого суффикса -каев, который указывает на тюркское или, точнее, булгаро-татарское происхождение. В русском языке фамилии на -каев (как и на -гин, -кин) часто образовывали от прозвищ или имён, заканчивающихся на -кай. Основа Прон- в таком случае — это сокращение от имени Пронкай, где -кай — уменьшительно-ласкательный или прозвищный аффикс в тюркских языках.

Само имя Пронкай, скорее всего, происходит от канонического имени Прохор (греч. «предводитель хора», «плясун»). В народной речи «Прохор» превращался в «Прон», а затем с тюркским суффиксом — в «Пронкай». Такая модель характерна для регионов, где русские и татары жили рядом: например, в бывшем Казанском ханстве, на Средней Волге и в Приуралье. Фамилия Пронкаев (и Пронкаева) встречается в основном в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области — это подтверждает версию о смешанном русско-тюркском происхождении.

Есть и вторая, менее вероятная версия: основа Прон- могла быть прозвищем от слова «пронька» — так в некоторых говорах называли пронырливого, ловкого человека. Но тогда фамилия скорее оформилась бы как Пронькин или Пронин, а не Пронкаев. Тюркский суффикс -каев перевешивает: предки носителей фамилии, скорее всего, были крещёными татарами или русскими, жившими в татарской среде, где имена адаптировали под местную речь.

Фамилия редкая, в списках дворянских родов или известных исторических лиц не значится. Это говорит о том, что её носители принадлежали к крестьянскому или мещанскому сословию. В современной России фамилия Пронкаева не теряется — её можно встретить в Казани, Уфе и небольших городах Поволжья.