Фамилия Проскуникова — женская форма от Проскуников, и её основа кроется в слове «проскурня» или «просвирня». Так в старину называли женщину, которая выпекала просфоры — особый литургический хлеб для церковной службы. Просвирня была при храме, часто вдовой или пожилой женщиной, и её ремесло считалось почётным, но требовало чистоты рук и помыслов. Соответственно, Проскуников — сын или потомок просвирни, то есть человек, чья мать или бабка служила при церкви.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов/-ев притягивается к основе на согласный. В данном случае основа «Проскурник» — человек, связанный с проскурней (возможно, её муж, сын или помощник). Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Проску́никова, хотя в говорах могло смещаться.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и западнорусским областям, где слово «проскурня» было в ходу. В северных говорах чаще говорили «просвирня», поэтому однокоренные фамилии Просвирников и Просвирнин встречаются шире. Проскуников — вариант с более архаичным произношением, сохранившим церковнославянское «ск» вместо бытового «св».

Спорных версий здесь немного: иногда фамилию пытаются вывести от «проскура» (уменьшительное от «просфора»), но это излишнее усложнение. Прямая связь с просвирней — самая прозрачная и подтверждается типовой моделью русских фамилий от названий профессий. Никакой связи с «проскоком» или «проскакивать» нет — это народная этимология, которая не выдерживает проверки историческими словарями.

Социальный контекст фамилии — церковная среда. Носители Проскуниковы в большинстве своём происходили из семей причётников, пономарей или просто людей, чьи матери зарабатывали на жизнь печением просфор. Фамилия не дворянская и не купеческая, а скорее мещанская или крестьянская, но с устойчивым религиозным оттенком. В дореволюционных записях её можно встретить в исповедных ведомостях и метрических книгах приходов, где служили эти просвирни.