Фамилия Прудковская образована от названия населённого пункта с корнем «пруд» — скорее всего, села или деревни Прудки, Прудково или Прудки. Таких топонимов в России и на Украине десятки: от Псковской области до Харьковщины. Суффикс -ск- указывает на территориальную или служилую фамилию: так называли человека по месту, откуда он родом или где владел землёй. Форма Прудковская (а не Прудская) говорит о том, что исходное название было притяжательным — Прудково, то есть «владение человека по прозвищу Прудок».

Окончание -ая — типично для женского варианта фамилии, но в исторических документах так могли записать и мужчину (например, в метрических книгах XIX века нередко встречается «Иван Прудковский», а его жену или дочь записывали как «Прудковская»). Если фамилия закрепилась в женской форме, это может говорить о том, что основатель рода был священником или принадлежал к духовному сословию: у семинаристов и поповских детей фамилии на -ский/-цкий часто давались по названию села, причём женская форма могла стать общей для всей семьи.

Корень «пруд» в данном случае не обязательно означает искусственный водоём. В древнерусских говорах «прудок» могло быть прозвищем человека с медлительным, «застойным» характером или, наоборот, того, кто жил у запруды. Однако топонимическая версия надёжнее: Прудковские — это потомки выходцев из Прудков, а не прямые наследники прозвища. Фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также в Беларуси, где топонимы с «пруд» особенно распространены.

В ономастических справочниках фамилия не относится к числу изученных в деталях, но её модель прозрачна. Сравните с однокоренными: Прудников (от профессии), Прудный (от прилагательного), Прудков (от имени Прудко). Прудковская стоит особняком — это «географическая» фамилия, которая прямо указывает на малую родину предка.