Фамилия Прудковский относится к пласту «географических» фамилий, которые произошли не от имени или прозвища, а от названия места, где жил человек. Её основу составляет не личное имя, а топоним — название деревни или села. Таких поселений на карте России, Украины и Белоруссии множество: Прудково, Прудки, Прудковское. Предок, получивший эту фамилию, скорее всего, был либо уроженцем одного из таких мест, либо владел землей в его окрестностях. В эпоху, когда фамилии только закреплялись, такой способ идентификации был самым надежным: назвал человека по деревне — и сразу понятно, откуда он родом.

Названия этих селений восходят к нарицательному слову «пруд» — искусственному водоему, который выкапывали для водоснабжения, разведения рыбы или хозяйственных нужд. Поселения с такими именами часто возникали рядом с водоемом или на месте, где его можно было устроить. Поэтому в основе фамилии лежит не абстрактное понятие, а вполне конкретная примета ландшафта, которая бросалась в глаза и отличала одно место от другого.

Суффикс -ский в фамилии указывает на типичную модель образования от географических названий. Такая модель была широко распространена в среде польской шляхты и русских дворянских родов, но со временем распространилась и на другие сословия. Показательно, что фамилия бытует и в мужской, и в женской форме (Прудковская), что говорит о ее давней укорененности и стандартном словоизменении.

Фамилия не редкая и встречается в исторических документах. Например, в Книге памяти Республики Белоруссии упоминается повар Прудковская Ида Казимировна, родившаяся в 1894 году в деревне Дятково Узденского района Минской области. Эта запись показательна: она фиксирует не только сам факт существования фамилии, но и ее географическую привязку к Белоруссии, где топонимы с корнем «пруд» также широко распространены. Кроме того, запись сохранила сведения о профессии носительницы, что дает представление о социальной среде, в которой бытовала фамилия.