Фамилия Прудковские — это типичный пример «топонимической» фамилии, то есть такой, которую человек получил по названию места, откуда он был родом. В старину, когда люди массово переселялись, за ними закреплялось прозвище по названию покинутой деревни или села, чтобы отличать их от однофамильцев и земляков. Так и предок Прудковских, переехав на новое место, остался в памяти соседей как «Прудковский» — выходец из Прудков.

Названий, от которых пошла фамилия, много: Прудки, Прудково, Прудковское. Такие поселения разбросаны по всей России, Украине и Беларуси, поэтому установить единственную «прародину» фамилии невозможно. Само же слово в основе — «пруд», искусственный водоём, выкопанный для хозяйственных нужд: водопоя скота, разведения рыбы, полива или тушения пожаров. Селения с таким названием чаще всего стояли у запруженной речки или у выкопанного водоёма, что и отразилось в их имени, а затем и в фамилии жителей.

Суффикс -ск- в фамилии указывает на притяжательное значение «из такого-то места» и характерен для польской, украинской, белорусской и русской традиций. Показательно, что в документах фамилия встречается именно в женской форме — Прудковская. В Книге памяти Республики Беларусь упомянута повар Ида Казимировна Прудковская, родившаяся в 1894 году в деревне Дятково Узденского района Минской области. Эта запись — редкое документальное подтверждение того, что фамилия бытовала на белорусских землях и не была исключительно дворянской или городской, а встречалась среди простых людей рабочих профессий.

Часто в таких фамилиях путают ударение и окончание: пишут то Прудковский, то Прудковской, а в женском роде — Прудковская. Мужская форма на -ский исторически склонялась как прилагательное, и в современном употреблении закрепился вариант Прудковский. О точном времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования наследственных фамилий у славян растянулся на несколько столетий, и пик его пришёлся на XVI–XVII века, когда закреплялись прозвища за целыми родами.

Несмотря на кажущуюся простоту, эта фамилия — живой след крестьянской географии и гидрографии. Она не связана с каким-то одним знатным родом, а отражает массовое явление: тысячи людей брали фамилию по месту, где стояла их изба. Поэтому Прудковские — это не одна семья, а множество неродственных между собой родов, которых объединило лишь общее имя их малой родины.