Фамилия Прудкой — редкий случай, когда ударение на окончании меняет всё восприятие слова. Если бы фамилия звучала как Прудков, вопросов бы не возникло: типичная патронимическая модель на -ов от прозвища Прудок (маленький пруд). Но форма Прудкой — это краткое прилагательное, а не притяжательное. В русской ономастике такие фамилии обычно указывают на географическую привязку: Прудкой — «тот, кто живёт у пруда» или «выходец из местности с названием Прудкое».

Словообразовательный разбор прост: основа пруд- плюс суффикс -к- (уменьшительный или указательный) и окончание -ой, характерное для кратких прилагательных мужского рода в старой русской речи. Модель «прилагательное + -ой» фиксирует прозвище по месту жительства, а не по отцу. Сравните с фамилиями Толстой, Благой, Кривой — там та же грамматика: прозвище, ставшее фамилией без добавления патронимического суффикса.

Географически фамилия Прудкой тяготеет к южнорусским и украинским говорам, где форма на -ой вместо -ый сохранялась дольше. Встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на Слобожанщине. Нередко в документах XIX века писали Прудкой и Прудков как варианты одной фамилии — путаница возникала из-за того, что писарь на слух передавал окончание то как -ой, то как -ов.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от прозвища Прудкой в значении «упрямый, как пруд» (в диалектах «прудкий» — крутой, неподатливый). Однако для этой гипотезы нет надёжных словарных подтверждений, и основным остаётся топонимическое объяснение.

Фамилия не относится к дворянским — её носители в основном крестьяне и однодворцы южных губерний. В ревизских сказках и метриках Прудкой встречается редко, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска: по такой фамилии легче отследить конкретную ветвь, так как она не размыта массовыми однофамильцами.