Фамилия Пшонина — женская форма фамилии Пшонин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Пшоня. В русской ономастике суффикс -ин традиционно указывает на принадлежность: «чей сын?» — Пшонин, то есть сын Пшони. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов на юге.

Корень фамилии — пшон-. Самое очевидное объяснение — связь со словом «пшено» (просо, крупа). Пшоней могли прозвать либо торговца крупой, либо человека, который занимался её выращиванием или обработкой. Однако в диалектах русского языка у этого корня есть и другие значения. В некоторых говорах «пшоня» — это не только крупа, но и прозвище суетливого, мелкого человека, который «суетится, как пшено в горшке». Возможна ироничная параллель: так могли назвать человека маленького роста или с редкими, мелкими волосами (сравните с диалектным «пшонка» — родинка, веснушка).

Менее вероятна, но не исключена связь с тюркскими заимствованиями. В татарском языке есть слово «пшон» (в значении «хлопок»), но для центральной России это скорее редкость. Если предки происходили с южных окраин или из Поволжья, где были сильны тюркские влияния, такая версия имеет право на существование, но выглядит натянутой.

Встречаемость фамилии Пшонина невысока. Она встречается в основном в Вологодской, Костромской и Кировской областях — на территории бывшего Русского Севера. Это косвенно подтверждает версию о прозвище от «пшена»: в этих регионах традиционно сеяли просо, и прозвище могло закрепиться за земледельцем или мельником. В XIX веке носители фамилии числились преимущественно среди государственных крестьян, а не дворян или купцов.

С точки зрения словообразования фамилия Пшонин (и Пшонина) стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Пшеницын, Пшеничников, Пшёнкин. Но если Пшеницын образован напрямую от «пшеница», то Пшонин — от более редкой уменьшительной формы «пшоня», что делает фамилию более архаичной и локальной.