Фамилия Пудряков образована от прозвища или личного имени Пудряк. В основе лежит слово «пудра» — так в старину называли не только косметическую пудру, но и мелкий порошок, муку, пыльцу, а также, в переносном смысле, — что-то рассыпчатое, хрупкое. Вероятнее всего, прозвище Пудряк получил человек, связанный с производством или продажей пудры: аптекарь, изготовитель косметики или, что более вероятно в крестьянской среде, — мельник или работник на мельнице, имевший дело с мучной пылью. Слово «пудрить» имело и ироничное значение — «обманывать, приукрашивать», так что прозвище могло закрепиться за хитрецом или льстецом.

Суффикс -як в основе Пудряк типичен для прозвищ, обозначающих человека по характерному признаку или занятию (сравните: Рыбак, Гуляк, Добряк). Патронимический суффикс -ов указывает на принадлежность: Пудряков — «сын Пудряка». Фамилия закрепилась в центральных и северных губерниях России, где была распространена мелкая промышленность и ремесла. Встречается и параллельная форма Пудряковский, образованная по польской или украинской модели, что может указывать на миграцию носителей.

В ономастических справочниках фамилия Пудряков не относится к числу частых, но её происхождение прозрачно: она из числа «профессиональных» прозвищ, которые нередко давали по самому заметному признаку — испачканному пудрой или мукой лицу. В отличие от более распространённых фамилий вроде Мельников или Мукомолов, Пудряковы сохранили в своей фамилии не столько прямое указание на ремесло, сколько бытовую деталь — образ человека, покрытого белым налётом.