Фамилия Пугальцова — женская форма фамилии Пугальцов, и её разбор неожиданно упирается в редкое слово, которое уже почти исчезло из живого языка. Основа здесь — не «пугать» и не «пугало», а прозвище Пугалец. В русских говорах, особенно на юге и западе, «пугальцем» или «пугалом» называли не только огородное чучело, но и нелюдимого, боязливого или, наоборот, неряшливо одетого человека. Суффикс -ец указывает на лицо, носителя признака: Пугалец — тот, кого так прозвали. Фамилия образована по притяжательной модели: Пугальцов — сын или потомок Пугальца.

Главная особенность Пугальцова — суффикс -ов при основе на мягкий согласный. В русской ономастике фамилии, где конечный -ц основы смягчается (Пугалец → Пугальц-ов), встречаются реже, чем твёрдый вариант (как в фамилии Пугачов). Это может указывать на определённый диалектный ареал. Скорее всего, фамилия сложилась в среде, где говорили с характерным «аканьем» и смягчением согласных — например, в южновеликорусских или белорусских говорах. Точной географической привязки нет, но по косвенным данным (разброс носителей в современных базах) она встречается в Псковской, Брянской областях и на Смоленщине.

В отличие от более распространённых Пугачёвых, которые чаще восходят к глаголу «пугать» и прозвищу Пугач (крикливый или страшный человек), Пугальцов — более узкий случай. Прозвище Пугалец могло закрепиться за человеком, который, например, пугал детей, работал сторожем на огородах или просто носил мешковатую одежду. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская: в документах XVII–XIX веков подобные прозвища фиксировались в первую очередь у черносошных и помещичьих крестьян. Известных носителей с этой фамилией в истории нет, что только подтверждает её локальный и редкий характер.

Написание через «льц» (а не «лц») — не ошибка, а закономерное отражение произношения: в живой речи мягкий звук [л’] перед [ц] даёт такое смягчение. Если встретите вариант Пугальцова без «о» на конце (в родительном падеже), это уже грамматическая форма, а не вариант фамилии. В целом, фамилия держится на грани исчезновения — носителей немного, и каждый случай стоит рассматривать как свидетельство сохранения старого прозвища.