Фамилия Пусташова — женская форма фамилии Пусташов, и её основа сразу выдаёт прозвище, от которого она пошла. В корне лежит слово «пустой» или «пустошь» — непаханая, поросшая бурьяном земля. Скорее всего, Пусташом называли человека, который жил на отшибе, в глухом месте, или того, кто обрабатывал тощую, малоплодородную почву. В русских говорах «пусташ» и «пустошник» — это ещё и ленивый, нерадивый хозяин, у которого двор стоит без дела. Так что прозвище могло быть ироничным: так дразнили бедняка или, наоборот, зажиточного мужика, который забросил пашню.

Суффикс -ов- типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён: он указывает на принадлежность — «сын Пусташа». Форма Пусташова — это либо жена Пусташова, либо дочь, если фамилия закрепилась за женщиной уже в документах. Такое окончание встречается в северных и центральных губерниях России, но точную географию по Пусташовым проследить сложно: фамилия редкая, не массовая.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пустошкин, Пустовалов, Пустозёров — показывает, что все они держатся на той же идее «пустоты», но Пусташов стоит особняком: основа «пусташ» звучит архаичнее, как из диалектной речи. В словаре Б. Унбегауна русских фамилий такой вариант не выделен отдельно, но модель «прозвище + -ов» — одна из самых старых, идущая ещё от XIV–XV веков. Вероятно, Пусташовы — потомки крестьян или однодворцев из южнорусских земель, где слово «пустошь» было в ходу. Никаких знаменитых носителей в истории не зафиксировано, и это нормально: фамилия осталась локальной, не поднявшись выше уездных списков.