Фамилия Рахлис почти наверняка указывает на род занятий предка. В её основе лежит литовское слово «ragelis» — «рожок». Так могли прозвать человека, который играл на рожке, чаще всего пастуха, собиравшего стадо. Модель образования простая: к литовской основе добавили русский суффикс принадлежности, что типично для фамилий, возникших на территориях с плотным балто-славянским контактом, в частности в Литве и Беларуси.

Существует и вторая версия, но она заметно слабее. Согласно ей, фамилия восходит к еврейскому женскому имени Рахиль, что значит «овца». В Ветхом Завете Рахиль — любимая жена Иакова и мать Иосифа и Вениамина. Однако против этой гипотезы говорит форма слова: от имени Рахиль естественнее было бы ожидать фамилию вроде Рахилин или Рахилевич, а не Рахлис. Литовское «ragelis» объясняет и корень, и конечное «-ис», которое часто встречается в фамилиях балтийского происхождения.

Таким образом, перед нами редкий случай, когда фамилия сохранила не имя предка, а его ремесло. Пастух с рожком — фигура заметная в деревенском быту, поэтому прозвище легко закрепилось и перешло в фамилию. Встречается она преимущественно среди потомков выходцев из Литвы и северо-западных областей бывшей Российской империи.