Фамилия Рапко — редкий пример, где фамилия могла родиться сразу в двух разных языковых стихиях, и обе версии одинаково состоятельны. В русском контексте это типичная модель украинской или белорусской фамилии на -ко, которая в XVI–XVIII веках была одной из самых распространённых на этих территориях. Суффикс -ко в тех краях выполнял роль уменьшительности и одновременно принадлежности: от прозвища или имени делали фамилию для сына или младшего члена семьи. Основа Рап- в этом случае — усечённая форма от крестильного имени Иерапп (редкое греческое имя, означающее «святой»). В народе такие имена сокращали до одного-двух слогов: Иерапп превращался в Рапко точно так же, как Панкрат — в Панько, а Агап — в Гапко. Носитель фамилии мог быть потомком человека по имени Рап (или Рапко).

Но есть и другая, не менее вероятная версия — южнославянская. В сербском, хорватском и словенском языках слово «рап» (rap) означает «шрам» или «рубец». Прозвище Рапко могли дать человеку с заметным шрамом на лице или теле. В этих языках суффикс -ко тоже уменьшительный, и фамилия Рапко встречается на Балканах куда чаще, чем в восточнославянских землях. Сложность в том, что без генеалогического исследования трудно сказать, какой из двух путей привёл конкретную семью к этой фамилии: миграция из южнославянских регионов или местное украинско-белорусское происхождение.

Географически фамилия Рапко в России и Украине встречается редко, сосредоточена в основном в западных областях Украины, а также в смежных регионах Беларуси. В польском языке существует похожая фамилия Rapko, что может указывать на католический контекст (от имени Рафал или Рап, местного варианта Рафаил). Окончание -ко в польской ономастике встречается реже, так что польский след скорее всего вторичен.

Примечательно, что фамилия не имеет аристократического или сословного оттенка — это типичная крестьянская или казацкая фамилия, появившаяся в среде, где фамилии давали по внешним приметам или по отцу. Никаких известных дворянских родов Рапко не зафиксировано, и в дореволюционных справочниках она почти не упоминается.