Фамилия Ратаев почти наверняка связана не с мышью или грызуном, а с древнерусским нецерковным именем Ратай. Это имя было широко распространено в домосковской Руси и означало «пахарь», «земледелец», «оратай». Отсюда же и слово «ратай» — крестьянин, возделывающий землю. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Ратаев — сын Ратая. Так что, скорее всего, основатель рода был не воином или чиновником, а человеком, работавшим на земле.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «ратай» могло быть прозвищем человека с громким, «раскатистым» голосом — от глагола «ратать» (кричать, реветь). Но эта гипотеза слабее, так как основное значение слова «ратай» в древнерусском языке — именно «пахарь», и именно оно закрепилось в антропонимии.

Обратите внимание на суффикс -ев, а не -ов. В фамилиях от основ на -ай, -яй (Ратай, Битяй, Шутай) закономерно появляется -ев. Это отличает Ратаева от фамилий, образованных от прозвищ с твердым согласным на конце (например, Козлов). В ономастических справочниках, в частности у Б. Унбегауна, модель на -ев от имен с основой на -ай описывается как типичная для русских фамилий XVI–XVII веков.

Географически фамилия Ратаев встречается в основном в центральных и южных областях России, что косвенно подтверждает связь с земледелием. В документах XVI–XVII веков упоминаются крестьяне и посадские люди с этим именем и отчеством, например, в писцовых книгах по Рязани и Туле. В дворянские родословные книги Ратаевы, как правило, не входили — фамилия оставалась крестьянской и мещанской.