Фамилия Рогатенко образована по одной из самых распространённых в восточной Украине моделей: суффикс -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок». Носитель такой фамилии — потомок человека по прозвищу или имени Рогат, Рогатый. Основа здесь — прилагательное «рогатый», которое могло относиться к внешности (человек с большими усами, с торчащими волосами, с характерным профилем) или к животному (владелец рогатого скота). В украинских говорах «рогатий» также могло значить «упрямый», «с норовом» — то есть характер тоже давал повод для прозвища.

Менее вероятно, но возможно, что фамилия восходит к топониму — названию села или хутора Рогатое, Рогатин. Такие названия встречаются в Черниговской, Полтавской и Сумской областях. В этом случае Рогатенко — «выходец из Рогатого». Однако в украинской ономастике фамилии на -енко чаще выводят из личных прозвищ, а не из географических названий.

Фамилия недвусмысленно украинская по происхождению. В России она встречается реже, преимущественно в южных и центральных регионах, куда переселялись украинские крестьяне и казаки в XVIII–XIX веках. Сословно носители Рогатенко — почти всегда бывшие крестьяне или казаки; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий типа Рогатин, Рогатов или Рогачёв, форма Рогатенко сохранила уменьшительно-патронимический оттенок. Она не просто называла человека «рогатым», а указывала на его происхождение: «сын Рогатого». Такая модель — одна из самых старых в украинской антропонимии, и она до сих пор остаётся маркером именно украинской фамильной системы.