Фамилия Рудненко — типичный пример восточнославянской модели фамилий, распространённой на землях современной Украины и юга России. Её основа — прилагательное «рудный» или топоним Рудное, а суффикс -енко указывает на происхождение из украинской ономастической традиции. В украинском языке суффикс -енко изначально имел значение «сын» или «потомок», поэтому Рудненко буквально означает «сын Рудного» или «потомок того, кто связан с рудой».

Корень «руд-» в славянских языках имеет два основных значения. Первое — прямое: руда как полезное ископаемое, железная руда. Второе — более древнее, сохранившееся в диалектах: «руда» означала кровь, а также красный или рыжий цвет. Поэтому предок-носитель фамилии мог быть либо рудокопом, либо человеком с рыжими волосами или красноватым лицом. В пользу первой версии говорит то, что на территории современной Украины (особенно в Криворожье и Донбассе) добыча руды была традиционным промыслом, и фамилии с корнем «руд-» там особенно часты.

Географически фамилия Рудненко наиболее плотно представлена в центральных и восточных областях Украины, а также в прилегающих регионах России, куда переселялись украинские крестьяне. В отличие от более распространённой фамилии Руденко, форма Рудненко встречается реже и может указывать на конкретное место происхождения — село или хутор с названием Рудное (такие есть, например, в Черниговской и Сумской областях).

Словообразовательный нюанс: если бы фамилия была образована напрямую от личного имени Рудь (краткая форма от Рудольф или Рудомир), мы бы получили Руденко, без вставного -н-. Наличие суффикса -н- в основе (Рудн-) говорит о том, что в качестве исходного слова выступало прилагательное «рудный» или топоним, а не личное имя. Это отличает Рудненко от многих однокоренных фамилий и делает её более «географической», чем «прозвищной».

В XIX веке носители фамилии Рудненко относились в основном к крестьянскому и казачьему сословиям. В ревизских сказках и метрических книгах Полтавской и Екатеринославской губерний эта фамилия фиксируется с первой половины XIX века. Встречаются также варианты написания — Руднѣнко (с буквой «ять» в дореволюционных документах), что подтверждает её украинское происхождение, так как в русском языке в этой позиции исторически была бы буква «е».