Фамилия Руненко звучит на украинский лад — её выдает суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках был главным маркером «сына» или «потомка» в Поднепровье, на Слобожанщине и в Запорожье. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, модель на -енко не указывала на принадлежность барину, а подчёркивала родство по отцу: Руненко — это буквально «Рунин сын» или «потомок Руни».

Сложность в том, что основа «Рун-» неочевидна. Самое прямое объяснение — прозвище Руня. В украинских и южнорусских говорах «руня» могли называть человека с рыжими волосами (от «рудий» — рыжий), либо того, кто был неопрятен, «оборван» (сравните с «рунь» — ветхая одежда). Есть и более древний вариант: в диалектах «рунь» — это молодая озимь, всходы. Прозвище Руня мог получить крестьянин, связанный с полевыми работами, или, наоборот, человек с «зелёной», неопытной натурой.

Менее вероятно, но не исключено, что в основе лежит уменьшительная форма от канонического имени Роман (через Ромун — Руня). Однако для украинской антропонимии это редкий путь: обычно от Романа образовывали Романенко, а не Руненко. Поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к Полтавской, Черниговской и Киевской областям, а также встречается на Кубани, куда украинские казаки переселялись в конце XVIII века. Сословного барьера у Руненко не было: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане — суффикс -енко в те времена был всесословным в Малороссии. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется в разных написаниях — Руненко, Руненков (под влиянием русской канцелярии), но основная форма осталась неизменной.