Фамилия Рунихин — одна из тех, где основа не очевидна на первый взгляд. Самая вероятная версия: в её основе лежит прозвище или неканоническое имя Рунька, а оно, в свою очередь, восходит к слову «рунь». В русских говорах так называли молодую, только что выколосившуюся рожь, зелень на полях. Человек мог получить прозвище Рунька за цвет волос — светлый, с желтизной, напоминающий спеющий хлеб, или за худощавость и высокий рост — «как колос». Менее вероятна связь с диалектным «рунить» — работать спустя рукава, но в таком случае прозвище носило бы укоризненный оттенок.

Обратите внимание на суффикс. В фамилиях на -ихин, -ухин, -охин часто скрывается уменьшительно-ласкательная форма: Рунька — от более полного имени. Какое имя могло сократиться до Руньки? Скорее всего, редкое крестильное имя Руфин (от лат. rufus — «рыжий»). В народном произношении оно потеряло начальный слог и дало форму Руня, от которой через суффикс -ка образовалось Рунька. Тогда фамилия Рунихин буквально означает «потомок Руньки», то есть маленького Руфина или рыжего человека.

Встречается фамилия в центральных и южных областях России, особенно в Тамбовской, Воронежской и Рязанской губерниях — там, где диалектное слово «рунь» было в ходу, а имя Руфин знали по святцам. Вариант с ударением на второй слог — Руни́хин — тоже возможен, но реже. Если предки носили фамилию с ударением на первый слог, это сильный аргумент в пользу «хлебной» версии: Рýнихин от рýни.

Фамилия не принадлежала к дворянским — её носителями были крестьяне, реже мещане. В переписных книгах XVII–XVIII веков такие фамилии фиксировали как отчества: «Ивашка Рунихин сын» — то есть сын человека по прозвищу Руня или Рунька. С течением времени форма закрепилась без изменений, и сегодня Рунихин — редкая, но устойчивая фамилия, в которой сплелись народная речь, сельский быт и церковное имя.