Фамилия Рунина — женская форма, но в русской традиции она образована от мужской Рунин. А вот с происхождением мужской основы не всё так однозначно, и это делает фамилию интересной для разбора.

Самая прямая версия — отчество от прозвища или нецерковного имени Руня. В старых русских говорах «руня» — это не только уменьшительное от имени Роман (через форму Романя > Роня > Руня), но и самостоятельное слово. В псковских и тверских диалектах «руня» значила «неопрятный человек», «неряха», «разгильдяй». В других областях так называли человека с рыжими или русыми волосами — от древнего корня «рус» (светлый). Таким образом, предок Руниных мог быть либо неряшливым, либо светловолосым.

Вторая версия, менее очевидная, но правдоподобная для южных регионов: связь с глаголом «рунить» — в украинском и белорусском языках это «ругать», «бранить». Тогда прозвище Руня давали ворчуну или сварливому человеку. В этом случае фамилия — однокоренная с украинской Рунич или белорусской Руневич.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Рунин сын», то есть сын Руни. Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я, и характерна для северных и центральных областей России. Встречается фамилия в основном в Московской, Тверской и Псковской областях, что хорошо согласуется с диалектной географией слова «руня».

Интересная деталь: в старых писцовых книгах XVI–XVII веков встречается фамилия Рунин в Новгородских землях, но в форме Рунинъ — с твёрдым знаком на конце, что указывает на старую орфографию. В те времена носителями были крестьяне и посадские люди, то есть предки Руниных не относились к дворянству, а были из тяглового сословия.

Спорных версий немного: иногда фамилию возводят к женскому имени Руфина (через уменьшительное Руня), но это маловероятно, так как от женских имён фамилии образовывали редко и в основном у незаконнорождённых детей. Эта гипотеза слабая, и её можно отбросить.