Прозвище Руня восходит к слову «руно» - «вся шерсть с целой овцы, сдираемая по весне, или же состригаемая полстью». Однако во владимирских и тверских говорах у этого слова было другое значение: «снятая с плеч худая одежка, лохмотья; старая рухлядь, домашний скарб всякого рода». Таким образом, Руней могли прозвать как стригаля овец (или кудрявого человека), так и старьевщика или бедняка. Возможно, в основе этого прозвища лежит слово «рунь» - «озимые всходы». В этом случае Руней могли называть ребенка, родившегося по весне. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Руня, со временем получил фамилию Рунин.