Фамилия Рунин произошла от личного прозвища Руня, и у этого прозвища было как минимум два разных источника. Первый связан со словом «руно» — так называли шерсть, снятую с целой овцы. Но в тверских и владимирских говорах тем же словом могли назвать худую одежонку, содранную с плеч, лохмотья или старую домашнюю рухлядь. Отсюда и развилка в значении прозвища: Руней могли окликнуть стригаля овец, кудрявого человека с густой шевелюрой, а могли — старьевщика или бедняка, чей вид выдавал ветхость одежды.

Есть и вторая версия, более редкая и сезонная. В основе прозвища могло лежать слово «рунь» — так в некоторых регионах называли озимые всходы. Тогда Руней называли ребенка, родившегося весной, когда поля только начинали зеленеть. Эта гипотеза менее распространена, но вполне правдоподобна для семей, где детей различали по времени появления на свет.

Словообразовательная модель простая: к основе Руня добавили типичный русский суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Фамилия Рунин буквально означает «сын Руни», «ребенок Руни». Такой тип фамилий был широко распространен в северных и центральных русских землях, где патронимические формы на -ин конкурировали с более южными вариантами на -ов.

Однокоренные фамилии — Рунов, Руничев, Руняев — сохранили ту же основу, но с разными суффиксами, что говорит о давнем бытовании прозвища в разных говорах. Точную географию фамилии Рунин проследить сложно: она встречается в разных регионах, но корни ее, скорее всего, лежат в центральной России, где слова «руно» и «рунь» были в ходу одновременно.

Сословной привязки у фамилии нет: Руниными могли стать и крестьяне, и посадские люди. Прозвище не несло ни почетного, ни уничижительного оттенка — оно просто описывало внешность, занятие или время рождения человека. Так что предки носителей фамилии Рунин могли быть и овцеводами, и торговцами старьем, и просто родителями весеннего ребенка.